Das liegt daran, dass die Datei /private/etc/apache2/httpd.conf überschrieben wird. Im gleichen Ordner befindet sich eine Datei namens https.conf.pre-update, welche alle alten Einstellungen behalten hat.
In der neuen Datei ist das Laden des PHP-Moduls auskommentiert:
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#LoadModule php5_module libexec/apache2/libphp5.so
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LoadModule php5_module libexec/apache2/libphp5.so
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sudo nano /private/etc/apache2/httpd.conf
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sudo apachectl restart