Hallo!
Der Shop bringt eine eigene Deinstallationsroutine (Konfiguration > Einstellungen > Deinstallieren) mit, bei der man anhaken kann, was gelöscht werden soll und was nicht. Und es gibt eine Im-/Exportfunktion für die Produkte. Und es gibt eine Datenbankbackupfunktion bei deinem Provider (hoffentlich), bzw. hast du selbst die Möglichkeit mittels
phpMyAdmin oder
mysqldumper die Datenbanktabellen zu sichern.
Das deaktivieren von Themes (ich bin immer noch der Meinung dass es am Theme liegt), Plugins oder Widgets soll in erster Linie dabei helfen, Fehler auszuschließen. Und das ist tatsächlich relativ schnell erledigt. Zunächst sollte man sich ein Backup anfertigen und dann kann man relativ schnell sich durch alle Plugins, etc. klicken. Das ist in einer halben Stunde erledigt.